MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Non-Coding Repeats of Borrelia burgdorferi JD1 plasmid JD1 lp17

Total Repeats: 363

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017410	TCC	2	6	58	63	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
2	NC_017410	TAAT	2	8	72	79	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_017410	T	7	7	107	113	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_017410	CTG	2	6	114	119	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
5	NC_017410	T	6	6	137	142	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_017410	AT	4	8	159	166	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_017410	A	7	7	257	263	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_017410	ATT	2	6	288	293	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_017410	ATT	2	6	306	311	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_017410	AGA	2	6	351	356	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
11	NC_017410	T	6	6	424	429	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_017410	TGA	2	6	450	455	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
13	NC_017410	AAGA	2	8	481	488	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
14	NC_017410	AAT	2	6	529	534	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_017410	ATA	2	6	537	542	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_017410	ATTT	2	8	564	571	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_017410	TTAATA	2	12	583	594	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_017410	TAG	2	6	610	615	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
19	NC_017410	GAT	2	6	640	645	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
20	NC_017410	TAAAT	2	10	661	670	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_017410	CAA	2	6	676	681	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
22	NC_017410	ATTT	3	12	694	705	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_017410	TTA	2	6	727	732	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_017410	TTA	2	6	769	774	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_017410	ATTT	2	8	782	789	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_017410	TA	3	6	793	798	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_017410	TAA	2	6	832	837	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_017410	A	7	7	847	853	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_017410	ATAA	2	8	874	881	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_017410	TAA	3	9	894	902	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_017410	AGA	2	6	955	960	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
32	NC_017410	AATT	2	8	1010	1017	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_017410	AAG	2	6	1043	1048	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
34	NC_017410	TAA	2	6	1054	1059	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_017410	AAT	2	6	1105	1110	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_017410	TTG	2	6	1115	1120	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
37	NC_017410	A	8	8	1127	1134	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_017410	TTA	2	6	1145	1150	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_017410	AAC	2	6	1207	1212	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
40	NC_017410	AG	3	6	1217	1222	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
41	NC_017410	ATT	2	6	1234	1239	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_017410	TAA	2	6	1255	1260	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_017410	ATT	2	6	1296	1301	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_017410	TAAA	2	8	1302	1309	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_017410	ATT	2	6	1376	1381	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_017410	TAAA	2	8	1394	1401	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_017410	TTCT	2	8	1413	1420	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
48	NC_017410	T	8	8	1420	1427	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_017410	T	9	9	1441	1449	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_017410	T	7	7	1473	1479	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_017410	ATT	2	6	1480	1485	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_017410	TAATT	2	10	1505	1514	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_017410	ATT	2	6	1596	1601	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_017410	CTG	2	6	1644	1649	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
55	NC_017410	T	6	6	1654	1659	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_017410	T	7	7	1667	1673	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_017410	A	6	6	1687	1692	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_017410	TA	3	6	1712	1717	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_017410	ATTTTT	2	12	1731	1742	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_017410	CTAA	2	8	1744	1751	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
61	NC_017410	TAT	2	6	1819	1824	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_017410	AGA	2	6	1840	1845	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
63	NC_017410	ATAA	2	8	1848	1855	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_017410	TAA	2	6	1896	1901	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_017410	A	6	6	1955	1960	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_017410	TTCTT	2	10	2025	2034	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
67	NC_017410	ATAA	2	8	2143	2150	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_017410	A	7	7	2155	2161	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_017410	T	8	8	2173	2180	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_017410	CTT	2	6	2188	2193	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
71	NC_017410	AT	4	8	2231	2238	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_017410	TGA	2	6	2263	2268	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
73	NC_017410	TAAA	2	8	2341	2348	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_017410	TAA	2	6	2369	2374	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_017410	GTT	2	6	2376	2381	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
76	NC_017410	GTC	2	6	2402	2407	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
77	NC_017410	AGA	2	6	2471	2476	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
78	NC_017410	ATA	2	6	2508	2513	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_017410	GAAG	2	8	2520	2527	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
80	NC_017410	A	6	6	2577	2582	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_017410	TGA	2	6	2609	2614	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
82	NC_017410	TTAAT	2	10	2647	2656	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_017410	GCATGG	2	12	2675	2686	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
84	NC_017410	T	6	6	2688	2693	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_017410	CTG	2	6	2770	2775	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
86	NC_017410	ATG	2	6	2848	2853	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
87	NC_017410	TAA	2	6	2872	2877	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_017410	ATT	2	6	2985	2990	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_017410	TAA	2	6	3075	3080	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_017410	A	6	6	3121	3126	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_017410	AAG	2	6	3136	3141	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
92	NC_017410	TTG	2	6	3189	3194	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
93	NC_017410	ATG	2	6	3201	3206	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
94	NC_017410	ATC	2	6	3233	3238	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
95	NC_017410	G	6	6	3247	3252	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
96	NC_017410	A	6	6	3273	3278	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_017410	ATA	3	9	3281	3289	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_017410	GAA	2	6	3329	3334	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
99	NC_017410	AT	3	6	3346	3351	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_017410	TGA	2	6	3394	3399	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
101	NC_017410	GGT	2	6	3433	3438	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
102	NC_017410	T	6	6	3490	3495	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_017410	ATT	2	6	3498	3503	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_017410	ATT	2	6	3512	3517	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_017410	A	6	6	3528	3533	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_017410	A	6	6	3539	3544	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_017410	TTA	2	6	3588	3593	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_017410	TAT	2	6	3607	3612	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_017410	T	6	6	3628	3633	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_017410	AGT	2	6	3671	3676	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
111	NC_017410	ATAA	2	8	3707	3714	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_017410	AAT	2	6	3723	3728	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_017410	ATTA	2	8	3742	3749	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_017410	ATA	2	6	3810	3815	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_017410	TA	3	6	3897	3902	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_017410	CTTA	2	8	3933	3940	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
117	NC_017410	CAT	2	6	3953	3958	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
118	NC_017410	GAT	2	6	4025	4030	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
119	NC_017410	TGA	2	6	4036	4041	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
120	NC_017410	CAAGC	2	10	4103	4112	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
121	NC_017410	T	6	6	4123	4128	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_017410	AT	3	6	4154	4159	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_017410	TG	3	6	4187	4192	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
124	NC_017410	ACTT	2	8	4279	4286	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
125	NC_017410	TCTT	2	8	4362	4369	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
126	NC_017410	T	6	6	4399	4404	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_017410	T	8	8	4413	4420	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_017410	TTA	2	6	4497	4502	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NC_017410	AATAA	2	10	4530	4539	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_017410	TAT	2	6	4565	4570	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
131	NC_017410	T	6	6	4587	4592	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
132	NC_017410	AATTAC	2	12	4652	4663	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
133	NC_017410	ATATT	2	10	4745	4754	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
134	NC_017410	ATT	2	6	4770	4775	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
135	NC_017410	TCT	2	6	4795	4800	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
136	NC_017410	TTA	2	6	4822	4827	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
137	NC_017410	A	6	6	4847	4852	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
138	NC_017410	AAACAA	2	12	4881	4892	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
139	NC_017410	AT	3	6	4907	4912	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
140	NC_017410	AAG	2	6	4920	4925	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
141	NC_017410	TAAT	2	8	4938	4945	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
142	NC_017410	ATTA	2	8	4951	4958	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
143	NC_017410	TAA	2	6	4963	4968	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
144	NC_017410	TAA	2	6	4978	4983	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
145	NC_017410	ACAA	2	8	4993	5000	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
146	NC_017410	TAA	2	6	5043	5048	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
147	NC_017410	CATT	2	8	5070	5077	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
148	NC_017410	TAT	2	6	5078	5083	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
149	NC_017410	TCA	2	6	5117	5122	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
150	NC_017410	TAA	2	6	5152	5157	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
151	NC_017410	TTTA	2	8	5184	5191	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
152	NC_017410	GTATG	2	10	5199	5208	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
153	NC_017410	ATA	2	6	5221	5226	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
154	NC_017410	TTTTAA	2	12	5232	5243	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
155	NC_017410	A	6	6	5242	5247	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
156	NC_017410	ATT	2	6	5267	5272	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
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158	NC_017410	T	9	9	5309	5317	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
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161	NC_017410	AAT	2	6	5362	5367	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
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174	NC_017410	ATT	2	6	5915	5920	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
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191	NC_017410	TAA	2	6	8578	8583	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.